El CNQFC se creó en 1937, constituyéndose desde entonces en la institución de primera importancia en el avance del ejercicio idóneo de la profesión Química Farmacéutica en el país. El Colegio realizó en 1958 en Bogotá la primera Convención Nacional de Químicos Farmacéuticos que trazó la agenda gremial de los profesionales farmacéuticos de la época. Después de la última convención, realizada en Cali en 1999, se dio lugar cada dos años al Congreso Nacional de Ciencias Farmacéuticas que ha permitido presentar de manera clara los avances académicos e investigativos en está área de conocimiento.

En el mismo año se estableció la asamblea nacional de carácter gremial y profesional. En 1962, con la Ley 23 se estableció un marco normativo claro sobre la competencia profesional del Químico Farmacéutico, reglamentación aún vigente junto con la ley 212 de 1995 y el decreto 1945 de 1996, normas generadas gracias a la gestión del colegio, que con sus estatutos y el código de ética profesional establecido ese mismo año se constituye la base normativa de la profesión.